L'Université de Parakou est constituée de onze (11) entités de recherche et de formation (EFR).
Les formations sont regroupées dans les domaines ci-dessous et régies par le régime LMD (Licence, Master, Doctorat) :
- Droit, sciences politiques et relation internationales ;
- Économie et gestion ;
- Statistiques, démographie et planification ;
- Lettres et Sciences humaines (Sociologie-anthropologie, Géographie et aménagement du territoire, Langues) ;
- Santé (médecine, soins infirmiers et obstétricaux, épidémiologie) ;
- Agronomie (agro économie et sciences agricoles et de l’eau) ;
- Institut Universitaire de Technologie – Option gestion.